تم تأسيس قسم هندسة النظم الحيوية في عام 1994 تحت عنوان قسم هندسة المكائن والآلات الزراعية في سبيل تربية و توفير خبراء في مجالات التصميم و صناعة وكذلك استخدام المكائن والآلات الزراعية في شرق البلاد. يضم القسم حالياً 10 أعضاء في هيئت التدريس إضافة علي التعاون الذي لا يزال يبذله ثلاثة من الأعضاء المتقاعدين.
بناءاً علي التعديل الذي شمل معظم البرامج الدراسية في الأقسام الزراعية في عام 2013، تم تغيير مسمّي القسم إلي هندسة النظم الحيوية والذي بموجبة يساهم القسم في المجالين المترابطين معاً ألا وهما مجال «مكانيك النظم الحيوية» و «المكننة الزراعية» ويقوم بنشاطاتة العلمية والبحثية في كلا المجالات حيث يقوم بقبول الطلاب في كافة المراحل الدراسية بدءاً من البكالوريوس و وصولا إلي مرحلة الدكتوراة.