روابط علمی کشور جمهوری اسلامی ایران با هند از دیرباز عمدتاً به شکل اعزام های شخصی یا دولتی دانشجو به هند برای ادامه تحصیل بوده است. سایر مصادیق روابط علمی نیز تا سال 2017 میلادی ساختارمند و ضابطه مند نبود و متکی به اعضای هیأت علمی دو کشور در امور علمی محسوب می گردید.
وزارت علوم در سال های اخیر ارتباط علمی با کشور های هدف را به دانشگاه های مختلف کشور واگذار نموده و به تبع آن "مرجع ملی همکاری های علمی با کشور هند" از سال 1395 به دانشگاه فردوسی مشهد محول و دبیرخانه مربوطه در دانشگاه فردوسی مشهد با مسئولیت آقای دکتر سید هادی ابراهیمی عضو هیأت علمی گروه علوم دامی دانشگاه فعالیت خودش را آغاز نمود. در هین راستا و در ابتدای سال 2017، تفاهمنامه همکاری های علمی با وزارت علوم هند و رئیس دانشگاه فردوسی مشهد به عنوان نماینده وزارت علوم ایران به عنوان نخستین شکل ساختارمند و مورد حمایت دو دولت منعقد شد و فعالیت های مربوطه ذیل این تفاهم نامه از همان موقع آغاز شد. برگزاری کارگاه بیوتکنولوژی در سال 2017 در دهلی نو با حضور 15 نماینده از کشورمان، تصویب 12 پروژه ملی مشترک ایران و هند که از میان 92 پروژه تسلیم شده به دبیرخانه انتخاب شده بود طی جلسه مشترک با طرف هندی در دهلی نو و برگزاری دو نشست کارگروه ملی همکاری های علمی بین المللی با هند از جمله اقدامات مهم دبیرخانه مرجع ملی همکاری علمی با هند طی دو سال اخیر بوده است.
فراخوان دور دوم پروژه های مشترک ایران و هند و برگزاری کارگاه مدیریت منابع آب از جمله اقدامات در پیش روی این دبیرخانه می باشد. وبگاه دبیرخانه نیز به آدرس: iriin.um.ac.ir حاوی اطلاعات تکمیلی از اقدامات و فعالیت های مرجع ملی همکاری های علمی با کشور هندوستان می باشد.
